石墨炉原子吸收分析有关灯电流、光谱通带及分析线的选择原则和方法与火焰原子吸收法相同。所不同的是，由于石墨管孔径小，光损失大；石墨管热辐射强，通常使用窄光谱带宽和低光阑；为满足脉冲信号测量的要求，采用快速响应电路，因此，石墨炉原子化器与光源间的对光调整要比火焰法更为重要，且难度要大些。通常石墨炉的定位程序是，先把石墨炉移开光路不挡光，将元素灯对光调整好，使元素灯透过率调到100％，即吸收值为0。取下石墨炉封闭两端的石英窗，再把石墨炉放回光路中，上下左右前后调节石墨炉位置，使元素灯的光正好通过石墨炉，透过率为100％或吸收值为0，此时，即认为光路已经调好，再装上刚才取下的石英窗。
当采用塞曼效应扣背景时，还应了解所选分析线是属于哪一种塞曼分裂类型，这对于研究干扰、背景校正和原子化机理研究都是重要的。此外，在实验过程中，要特别注意避免被测痕量组分的损失与玷污，忌用玻璃材质的容器长期存储标准溶液，注意选用纯度符合要求的试剂及实验室用水，保持实验室的环境的洁净等。
石墨炉原子吸收分析步骤有干燥、灰化、原子化程序升温和采用惰性气体保护。因此，选择合适的干燥、灰化、原子化温度、时间和惰性气体流量是石墨炉原子吸收分析不可或缺的非常重要的步骤。
